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미디어위키는 유지보수하기가 은근 까다롭고 사용자 입장에서도 위키문법 등이 복잡합니다. 그러나 미디어위키를 선택한건 타 위키엔진이 미디어위키보다 부족한 점이 많았고 미디어위키의 강력함을 대체할 수 없었기 때문입니다.
우선 도쿠위키의 경우에는 문법과 편집 양상이 이질적인게 걸립니다. 미디어위키 기반 위키 나무위키는 자동으로 문서의 최상단에 표제어를 생성해 주지만 도쿠위키는 그렇지 않고 문서의 최상단에 표제어를 적어주어야 합니다. 편집 양상이 완전히 다르며 위키 마크업 또한 문단 문법이 정반대인 등 매우 이질적입니다. 적어도 미디어위키는 나무위키 문법과 동일한 부분이 조금이라도 있지만(볼드와 문단 만드는 방법은 완전히 동일합니다) 도쿠위키는 그렇지 못합니다.
나무마크와 비슷한 모니위키 또한 보안 취약점이 발견되었고 패치되었다고는 하지만 어느 보안 취약점이 있을지 모르는 일입니다. 게다가 모니위키의 지원은 잘 이루어지고 있지 않기에 보안 취약점에 대한 패치를 얼마나 신속하게 할 수 있을지도 불확실 합니다. 게다가 모니위키는 매뉴얼 등이 소실 되었기에 유지보수하기가 어렵고, 파일이나 문서를 완전히 삭제하는데도 웹 인터페이스가 아닌 서버를 건드려야 합니다.
오픈나무 등의 나무위키를 흉내내기 위한 위키 소프트웨어 또한 개인이 취미삼아 개발하는 것에 가깝기에 지속적인 지원을 기대하기 힘듭니다. L위키는 현재로써는 사이트 소프트웨어를 자체적으로 유지보수할 형편이 되지 않기에, 꾸준히 지원되지 않는 소프트웨어를 도입하는 것은 무리합니다.
따라서 이러한 이유로 미디어위키를 선택하였으며, 어찌 보면 불가피한 선택일 수도 있습니다.